Dinas Kelautan dan Perikanan Provinsi Papua
merupakan salah satu dinas yang terbentuk di Propinsi Irian Barat berdasarkan
Undang-Undang Nomor 12 tahun 1999 tentang Pembentukan Otonomi Irian Barat dan
Kabupaten- kabupaten Otonom di Propinsi Irian Barat jo. Peraturan Pemerintah
Nomor 5 Tahun 1973 tentang Perubahan nama Propinsi Irian Barat menjadi Irian
Jaya dan Dinas Kelautan dan Perikanan masih sebagai seksi perikanan darat dan
laut yang bergabung dengan Dinas Pertanian Daerah Tingkat Propinsi Irian Jaya.
Tahun 1985 seksi perikanan darat dan laut terpisah
dari Dinas Pertanian menjadi Dinas Perikanan tersendiri, berdasarkan
Undang-Undang Nomor 9 Tahun 1985 tentang Perikanan. Tahun 2001 Propinsi Daerah
Tingkat I Irian Jaya mengalami perubahan nama dari Dinas Perikanan dan Kelautan
Propinsi Daerah Tingkat I Irian Jaya menjadi Dinas Perikanan dan Kelautan
Provinsi Papua berdasarkan UU RI No 21 Tahun 2001 tentang Otonomi Khusus bagi
Provinsi Papua. Dengan demikian Dinas Perikanan dan Kelautan Propinsi Irian Jaya
mengalami perubahan berdasarkan Peraturan Daerah Propinsi irian Jaya Nomor 2
Tahun 2001 tentang susunan Organisasi dan Tata Kerja Dinas-Dinas Daerah, maka
pada tahun 2008 Dinas Perikanan dan Kelautan Provinsi Papua mengalami perubahan
berdasarkan Peraturan Daerah Nomor 10 Tahun 2008 tentang Organisasi dan Tata
Kerja Dinas-Dinas Daerah Provinsi Papua, dengan susunan organisasi 1 (satu)
Kepala Dinas, 1 (satu) Sekretariat denga 4 (Empat) Sub Bagian dan 5 (lima)
Bidang dengan 14 (empat belas) seksi dan 4 (empat) Unit Pelaksana
Teknis Daerah ( UPTD).
Seiring dengan perkembangan situasi dan kondisi
yang terus mengalami perubahan-perubahan organisasi, maka Dinas Perikanan dan
Kelautan Provinsi Papua mengalami perubahan organisasi menjadi Dinas Kelautan
Dan Perikanan Provinsi Papua berdasarkan Peraturan Daerah Provinsi Papua Nomor
12 tahun 2013 tentang Organisasi dan Tata Kerja Dinas- Dinas Daerah Provinsi
Papua, maka Dinas Kelautan dan Perikanan Provinsi Papua dengan susunan
Organisasi 1(satu) Kepala Dinas, 1 (satu) Sekretariat dengan 3 (tiga) Sub Bagian,
4 (empat) Bidang dengan 12 (dua belas) Seksi dan 6 (enam) Unit Pelaksana Teknis
Daerah (UPTD) yang ditetapkan dalam peraturan Gubernur Papua Papua Nomor 19
Tahun 2014 tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Pada
Dinas-Dinas Daerah Provinsi Papua.
Dibentuknya organisasi dan tata kerja Satuan Kerja
Perangkat Daerah (SKPD) melalui Peraturan Daerah Provinsi Papua tersebut adalah
merupakan wujud nyata dari konsistensi Pemerintah Provinsi Papua untuk
melaksanakan tugas-tugas umum Pemerintahan dan pembangunan dalam memberikan
pelayanan yang baik kepada masyarakat.
Berdasarkan analisis dokumen data pegawai, Tahun
2010 hingga tahun 2014 jumlah Pegawai Negeri Sipil Dinas Kelautan dan Perikanan
Provinsi Papua telah mencapai 133 orang yang tersebar di Dinas Induk dan UPTD.